经历过圣石之种事件半年后的高町奈叶与菲特·泰斯特罗莎两人则以朋友方式重逢，但随后卷入了一场袭击奈叶的大战。敌人目的正是以非法手段夺取魔导师的魔力资质，从而引发了时空管理局的重视和调查。

　　半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎